【python】summary()の出力時に予測区間の範囲と数を変更する【Cmdstanpy】

Cmdstanpyでベイズ推定を実行した後に、summary()を実行すると各種パラメーターのまとめが出てくるが、その中に予測区間がある。

デフォルトは5%,50%,95%だが、この予測区間の範囲を変更したくなった。

fit.summary()

percentilesで指定するといいらしく、範囲も変更できるし出力する数も変更することが出来た。

fit.summary(percentiles=(1,2.5, 50, 97.5,99))

全体のコードはこちら。

pythonコード

import os
import time
import numpy as np
import arviz as az
from matplotlib import pyplot as plt
from cmdstanpy import  CmdStanModel

#データを作成
x = np.array([1, 2, 3, 4, 5])
y = np.array([2, 6, 6, 9, 6])

#stanファイルをコンパイル
stan_file = "./test_1.stan"
exe_file = "./test_1"

if not os.path.exists(exe_file):
    model = CmdStanModel(stan_file=stan_file)
else:
    model = CmdStanModel(exe_file=exe_file)

data = {
    "N": len(x),
    "X": x,
    "Y": y
}

import multiprocessing
num_cpu = multiprocessing.cpu_count()

fit = model.sample(
    data=data, 
    chains=4, # chain数
    seed=1, # seed固定
    iter_warmup=1000, # warmupの数
    iter_sampling=2000, # samplingの数
    parallel_chains=num_cpu, # 並列数
    save_warmup=True, # warmupもCSVに保存
    thin=1, # サンプリング間隔
    #output_dir=output_dir, # 出力先
    show_console=False, # 標準出力
    show_progress=True # progress出力
    )

fit.summary()

stanコード（XとYを実数のグループで指定）

data {
  int<lower=0> N; //データ数
  vector[N] X;
  vector[N] Y;
}

parameters {
  real a;
  real b;
  real<lower=0> sigma;
}

transformed parameters{
  vector[N] mu;
  mu = a + b*X;
}

model {
  Y ~ normal (mu, sigma);
  a ~ normal(0, 1000);
  b ~ normal(0, 1000);
}